Kesehatan menjabarkan visi Presiden di bidang kesehatan, yaitu “Menciptakan Manusia yang Sehat, Produktif, Mandiri dan Berkeadilan”. Direktorat Jenderal P2P menjabarkan visi Presiden dan Kementerian Kesehatan tersebut dalam visi bidang Pencegahan dan Pengendalian Penyakit yakni “Mewujudkan masyarakat bebas penyakit dan kesehatan lingkungan yang berkualitas”.

Selaras dengan visi Ditjen P2P, Kantor Kesehatan Pelabuhan menjabarkan visi Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas II Gorontalo yakni Mewujudkan Pintu Masuk Negara dan Wilayah yang bebas penyakit dan faktor risiko.

Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas II Gorontalo telah menetapkan misi  untuk mewujudkan tercapainya visi KKP Kelas II Gorontalo yakni : 
1. Meningkatkan deteksi dini dan respon penyakit dan faktor risiko; 
2. Meningkatkan kualitas kesehatan lingkungan dan alat angkut di pintu masuk negara; 
3. Meningkatkan tata kelola kegiatan yang bersih dan akuntabel; 
4. Peningkatan Sumber Daya Manusia.