Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas II Gorontalo berkedudukan di Provinsi Gorontalo, merupakan hasil pemekaran dari Propinsi Sulawesi Utara yang terbentuk berdasarkan UU No. 38 tahun 2000. Propinsi Gorontalo memiliki enam wilayah kabupaten dan kota yaitu, Kota Gorontalo, Kabupaten Gorontalo, Kabupaten Bone Bolango, Kabupaten Boalemo, Kabupaten Pohuwato, dan Kabupaten Gorontalo Utara.

Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas II Gorontalo yang pada saat terbentuk merupakan Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas III Gorontalo adalah unit pelaksana teknis di lingkungan Kementerian Kesehatan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Pencegahan dan Pengendalian Penyakit, terbentuk dan berdiri berdasarkan peraturan Menteri Kesehatan Republik Indonesia nomor 167/menkes/per/II/2007 perihal perubahan atas keputusan Menteri Kesehatan Nomor 265/Menkes/II/2004 tentang Organisasi dan Tata kerja Kantor Kesehatan Pelabuhan tanggal 16 Februari 2007, yang sebelumnya merupakan wilayah kerja KKP Kelas II Manado. 

KKP Kelas II Gorontalo berlokasi di sekitar Bandar Udara Djalaluddin Gorontalo (Kabupaten Gorontalo), mempunyai lima wilayah kerja ( Wilker ), yaitu :

1.Wilker Bandara Djalaluddin

2.Pos Pelabuhan Laut Gorontalo

3.Wilker Kwandang

4.Wilker Anggrek

5.Wilker Tilamuta.

6.Wilker Paguat