Satuan Kepatuhan Intern (SKI), mempunyai tugas dan tanggung jawab:
a. Melaksanakan Pemantauan dan evaluasi tata kelola unit kerja serta Reformasi Birokrasi / Wilayah Bebas dari Korupsi / Wilayah Birokrasi Bersih dan melayani;
b. Melaksanakan Pemantauan dan Evaluasi Manajemen Risiko;
c. Melaksanakan pemantauan dan evaluasi Pengendalain Intern;
d. Melaksanakan penugasan lain terkait bidang kepatuhan yang diberikan pimpinan; e. Membuat laporan hasil pemantauan secara berkala (bulanan) dan laporan rekapitulasi hasil pemantauan (triwulanan).
Pada Tanggal 20 Februari 2024 telah dilaksanakan Asessmen/Evaluasi Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintahl Tahun 2023 Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas II Gorontalo dengan menggunakan LKE PERMENPAN No.88 oleh Tim Satuan Kepatuhan Intern (SKI) KKP Kelas II Gorontalo. Adapun hasil dari penilaian/evaluasi internal tersebut adalah KKP Kelas II Gorontalo mendapatkan Nilai Akuntabilitas Kinerja Sebesar 91.10 dengan Kategori Predikat AA.